1969'da Türk Dil Kurumu Dilbilgisi koluna bilim işleri görevlisi olarak girdi. 1970 yılında Milli Eğitim Bakanlığı'nın açtığı yurt dışı sınavlarını kazanarak doktorasını yapmak için Almanya'ya gitti, bir yıl kadar Goethe Enstitüsü'nde Almanca öğrendi. Göttingen Üniversitesi'nde Prof. Dr. Gerhard Doerfer'in yanında doktoraya başlayıp, yan bölümler olarak İranistik ve Dilbilim bölümlerini seçti.

1973 yılında Prof. Dr. Gerhard Doerfer'in yönettiği İran Araştırma Gezisine katıldı. Bu gezide İran'ın Horasan ve Kermanşah eyaletlerini yakından görme olanağı buldu. Gezi notlarını daha sonra Horasan Günlüğü adı ile Türk Dili dergisinin 1976'nın Ocak ayında çıkan 263. sayısında yayınladı.

1975 yılında Horasan Türkçesinin Bocnurd Ağzı Üzerine Araştırmalar adlı teziyle doktorasını tamamladı. Aynı yılın yazında kısa dönem askerliği yaptı.

1976 yazında Almanya'dan sınıf arkadaşları ve Halkbilimci Oğuz Aktan ile Afganistan'a bir gezi yapıp, Afganistan Türkistanı'nı araştırma olanağı buldu. Dönüşte gözlemlerini Türkistan Günlüğü adı ile Türk Dili dergisinde yayınladı. 

1976-1982 yılları arası Ege Üniversitesi Sosyal Bilimler Fakültesi Türk Dili Edebiyatı Bölümü'nde görev yaptı. Afganistan Kazak Ağzı adlı çalışmasıyla 1983 Haziranında doktorasını tamamladı.

1983-1984 tarihleri arası da İtalya'nın Venedik ve Almanya'nın Giessen Üniversitelerinde dersler verdi. 1985'de Hamburg Üniversitesi'nde 3 yıl olmak üzere 1987 yılında Hamburg Üniversitesi’nin Doğubilimleri ve Germanistik Bölümlerinde yine dersler verdi.

1987'de Hollanda'nın Rotterdam Eğitim Bilimleri Fakültesi'ne geçip; beş yıl Türk dili, kültürü, ve tarihi üzerine dersler verip öğrencilerin tezlerini yönetti.

Tatarcadan, Kırgızcadan, Azericeden ve Doğu Türkçesinden Çeviriler de yapan Fuat Bozkurt; Tarih Vakfı, Türkiye İlim ve Edebiyat Eseri Sahipleri Meslek Birliği İLESAM ve Dil Derneği Üyesidir.